①接觸傳熱方式 這是一種最簡單的加熱方法，在幹燥室內設置可加熱的多層擱板，上面放置裝有被幹燥食品的幹燥盤。利用幹燥盤與擱板接觸傳導加熱。在這種情況下。加熱擱板與幹燥盤，幹燥盤與幹燥食品間不能完全良好地接觸，因此利用這種方法進行加熱時，幹燥時間多少較其它方法長些，但其優點是幹燥是構造簡單，並可充分利用空間。
②複式加熱方式 接觸傳導僅加熱食品的一面，而在本法中被幹燥的食品兩面都與加熱板接觸，因此傳熱良好而可縮短幹燥時間，所冷凍乾燥機采用的方式將被幹燥食品在與加熱板接觸前，先以金屬網狀鋁板夾住，以打開升華時水蒸汽的通道並減少其阻力，然後用液壓加上擱板，使之與網狀鋁板接觸，此法優點是可縮短幹燥時間，但為能與上擱板接觸，擱板必須是活動的，因此必須使用液壓裝置，而導致構造複雜，並降低幹燥室的利用率，故設備費用高昂，此外，對非平面而不定形被幹燥食品，則有不能充分發揮效果的缺點。
③有釘板加熱方式 這是上述複式加熱方式的變形，此法是利用裝有多枚釘子的2片加熱板將被幹燥食品夾在中間以進行加熱，這種方式的加熱接觸面積擴大到被幹燥食品的內部，因而能有效地進行熱供給，利用此方式，幹燥時間可大幅度縮短，這正是被希望的方式，但相反的是，大量處理被幹燥食品時，幹燥前與幹燥後的操作繁雜，需要人力與時間，另外還涉及衛生的問題，因此在實用規模裝置上幾乎都不采用。
④輻射加熱方式 此種方式是將被加熱幹燥的食品置於幹燥盤或幹燥網上，然後插入兩片加熱板之間，使之不與加熱板接觸，而由加熱板輻射來供給熱量，因此加熱板可加熱到容許溫度以上的高溫，而被幹燥食品的溫度則保持在容許溫度之內，這樣可以縮短幹燥時間，且被幹燥食品的形狀若不是定型時也不會有所妨礙。幹燥前後的操作也很容易，特別是在大型連續幹燥裝置中更加有效，已經設計出適當的控制方式，並提高加熱板的輻射能轉換效率，其幹燥時間已縮短至可以與複式加熱相匹敵的程度，因此，該加熱方式已演變成凍幹食品設備的基本形式。
⑤微波加熱方式 微波照射能使不同形狀的食品內外都得到加熱，大大縮短幹燥時間(約10%～20%)。此外，幹燥室的利用率也較高。盡管微波加熱具有明顯的優點，但是到目前為止還沒有在工業上成功的例子。這是因為產生微波形式的能量是昂貴的，其費用為蒸汽費用的10～20倍。另外，微波加熱過程很難控制。如果供熱量有餘，會導致升華界面有少量冰融化，而水的介電常數比冰的介電常數大得多，水將吸冷凍乾燥機收更多的熱量使溫度升高而使更多的冰融化，最終導致幹燥失敗。
⑥紅外線加熱 在幹燥室安裝紅外線發生器產生紅外線輻射。但由於其維持費用相當高，故很少應用於冷凍幹燥食品方面。
綜上所述，各種加熱方法各有其特點。人們在不斷認識凍幹過程本質的基礎上，探索出了多種加熱、輻射的組合，如傳導-輻射加熱法、傳導-微波加熱法、輻射-微波加熱法等。其目的都是期望能在保證產品質量的前提下，提高幹燥速率，降低能耗。
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